Posle bosansko-hercegovačkog ustanka 1875. i Berlinskog kongresa 1878. godine, Novi Pazar su naselili u velikom broju muhadžeri izbeglice iz Hercegovine, Bosne i Crne Gore. Ovde su se zadržali i ostali da trajno žive mimo volje ondašnjih vlasti. One su bile primorane da im ustupe deo grada na periferiji, na Hadžetu i muhadžeri su tu formirali svoju mahalu koja se i sada zove Muhadžerska mahala. U sredini mahale izgradili su džamiju nevelikih razmera i dali joj ime Nikšićka džamija.

Poznata je još i kao Muhadžerska džamija.
Više puta je popravljana jer je rađena od mešovitog i nedovoljno čvrstog materijala. Poslednjih godina je izvršena popravka uz saglasnost Zavoda za zaštitu spomenika kulture iz Kraljeva, ali su izvedenim radovima na Nikšićkoj džamiji u potpunosti izmenjeni autentični materijali i način obrade, a novopodignuti objekt samo podseća na prvobitni.